Një faktor i vazhdueshëm dëmtues i pyjeve janë prerjet e paligjshme.Vetëm vitin e kaluar në Parkun e Alpeve në zonën e Vermoshit janë konstatuar nga Administrata e Zonave të Mbrojtura tre raste të prerjes së paligjshme të pyjeve.

Në bashkëpunim edhe me policinë e shtetit personavenë fjalë i është sekuestruar lënda drusore.Specialisti i Zonave të Mbrojtura Festim Broja thotë se këto raste janë cuar për ndjekje penale në prokurorinë e Shkodrës.Si problematikë për shkatërrimin e pyjëve Broja evidenton edhe rastet e zjarreve gjatë periudhës së verës vecanërisht në malin e Taraboshit në të cilin për cdo vit mbillen qindra fidanë me pisha për të shtuar sipërfaqet e pyllëzura.

Për shkak të shtrirjes gjeografike që nis në Velipojë dhe përfundon në Alpe, Shkodra është një nga rajonet me sipërfaqen më të madhe të zonave të mbrojtura ndaj edhe rastet sporadike të prerjes së paligjshme të pyjeve herë pas here janë evidente.